A continuación, te detallamos el itinerario de viaje a Japón de una semana y pico, con las principales actividades y visitas que puedes hacer cada día. Recuerda que se trata de una propuesta orientativa, que puedes adaptar a tus gustos, intereses y presupuesto.

• Día 1: Llegada a Tokio. Dependiendo de la hora de tu vuelo, puedes aprovechar para dar un primer paseo por la ciudad y familiarizarte con el transporte público, el cambio de moneda, la tarjeta Suica o Pasmo, etc. También puedes activar tu Japan Rail Pass en alguna de las oficinas de JR que hay en el aeropuerto o en las estaciones principales. Si llegas por la tarde-noche, puedes ir directamente a tu alojamiento y descansar del viaje.
• Día 2: Tokio. Este día puedes dedicarlo a conocer algunos de los lugares más emblemáticos y representativos de Tokio, como el santuario de Meiji, el parque de Yoyogi, el barrio de Harajuku, la avenida de Omotesando, el cruce de Shibuya, el parque de Shinjuku, el edificio del gobierno metropolitano, el barrio de Kabukicho y el barrio de Golden Gai. Estos lugares te permitirán apreciar la diversidad y los contrastes de Tokio.
• Día 3: Tokio. Este día puedes seguir explorando Tokio, visitando otros lugares interesantes y variados, como el templo de Sensoji, el barrio de Asakusa, el parque de Ueno, el mercado de Ameyoko, el barrio de Akihabara, el palacio imperial, el jardín de Hama Rikyu, el barrio de Ginza y el barrio de Odaiba. Estos lugares te mostrarán la historia, la cultura, la naturaleza, la tecnología y los lugares de ocio de Tokio. 
• Día 4: Tokio – Nikko – Tokio. Este día puedes hacer una excursión de un día a Nikko, una ciudad situada a unos 150 km al norte de Tokio, que alberga algunos de los monumentos más espectaculares y sagrados de Japón, declarados Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO. Entre ellos, destacan el santuario de Toshogu, el mausoleo del shogun Tokugawa Ieyasu, el templo de Rinnoji, el santuario de Futarasan y el puente sagrado de Shinkyo. Además, Nikko está rodeada de un paisaje natural impresionante, con montañas, bosques, cascadas, lagos y ríos. Puedes llegar a Nikko en tren desde Tokio, usando tu Japan Rail Pass, en unas dos horas.
• Día 5: Tokio – Kioto. Este día puedes trasladarte a Kioto, la antigua capital y el corazón cultural de Japón, donde podrás disfrutar de su ambiente histórico y tradicional. Para llegar a Kioto desde Tokio, puedes usar el tren bala o shinkansen, que tarda unas tres horas y media, y que está incluido en tu Japan Rail Pass. Una vez en Kioto, puedes aprovechar para visitar algunos de sus lugares más emblemáticos, como el templo de Kinkakuji o Pabellón Dorado, el castillo de Nijo, el barrio de Gion y el santuario de Yasaka.
• Día 6: Kioto. Este día puedes seguir descubriendo Kioto, recorriendo algunos de sus lugares más bonitos y famosos, como el templo de Ginkakuji o Pabellón de Plata, el camino del filósofo, el templo de Nanzenji, el templo de Eikan-do, el templo de Kiyomizu-dera, el barrio de Higashiyama, el templo de Kodaiji, el templo de Chion-in y el templo de Sanjusangendo.
• Día 7: Kioto – Nara – Kioto. Este día puedes hacer una excursión de un día a Nara, la primera capital de Japón, que se encuentra a unos 40 km al sur de Kioto. Nara es una ciudad llena de encanto y de historia, donde podrás ver algunos de los templos y santuarios más antiguos y grandes de Japón, como el templo de Todaiji, que alberga el Gran Buda de bronce, el santuario de Kasuga, famoso por sus miles de farolillos, el templo de Kofukuji, con su pagoda de cinco pisos, y el parque de Nara, donde podrás interactuar con los ciervos que viven allí. Puedes llegar a Nara en tren desde Kioto, usando tu Japan Rail Pass, en unos 45 minutos.
• Día 8: Kioto – Himeji – Hiroshima – Miyajima – Kioto. Este día puedes hacer una excursión de un día a tres destinos imprescindibles de Japón: Himeji, Hiroshima y Miyajima. Himeji es una ciudad situada a unos 100 km al oeste de Kioto, que alberga el castillo de Himeji, el más bello y mejor conservado de Japón, declarado Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO. Hiroshima es una ciudad situada a unos 300 km al oeste de Kioto, que sufrió el primer ataque nuclear de la historia, y que hoy en día es un símbolo de la paz y la esperanza. Allí podrás visitar el Parque Conmemorativo de la Paz, el Museo de la Paz y la Cúpula de la Bomba Atómica. Miyajima es una isla situada a unos 20 km al sur de Hiroshima, que alberga el santuario de Itsukushima, famoso por su torii flotante, que parece salir del mar, y que es uno de los paisajes más icónicos de Japón. Puedes llegar a estos tres destinos en tren y ferry desde Kioto, usando tu Japan Rail Pass, en unas dos horas y media, tres horas y media y cuatro horas respectivamente.
• Día 9: Kioto – Osaka – Tokio. Este día puedes aprovechar para visitar Osaka, la tercera ciudad más grande de Japón, que se encuentra a unos 50 km al sur de Kioto. Osaka es una ciudad vibrante y divertida, donde podrás disfrutar de su gastronomía y su ambiente nocturno.
• Día 10: Aprovecha las últimas horas para las compras y hacer las últimas fotos antes de ir al aeropuerto.